中国農業科学院大学院は1979年に設立され、1981年に国務院に許認可された中国初の博士号・修士号授与機関です。
中国農業科学院の大学院教育は中国の16省（直轄市、自治区）に設置された36の研究所をベースとし、修士、博士を含み、学術学位プログラム、専門職学位プログラム、留学生プログラムなどを展開している重層的・多元的・国際的な人材育成システムを作り上げています。
中国農業科学院大学院の学科と専攻は、農業科学院の9大学科群を中心に設置され、大学院教育の学科システムを最適化し、農学、理学、工学、管理学といった4つのカテゴリー、17の一級学科を網羅しています。
2007年に、同大学院は中国教育部に許認可を受け、中国政府奨学金留学生を受け入れる資格を取得しました。2008年、第1陣のディグリー留学生を受け入れました。